Kesultanan Buton sejak berdirinya tahun 948 H atau 1542 M telah memberlakukan syari’ah/hukum Islam sebagai hukum positif untuk seluruh daerah kekuasaannya. Penerapan hukum Islam tersebut berlangsung sampai dengan meleburnya Kesultanan Buton dalam Negara Republik Indonesia yang berdasar Pancasila dan Undang Undang Dasar 1945. Dengan demikian, sejak berdirinya Kesultanan Buton telah ada badan/lembaga yang menangani kasus-kasus yang bertalian dengan hukum agama. Badan/Lembaga dimaksud adalah Badan Peradilan Hukum yang perangkatnya terdiri dari Lakina Agama, Imam dan Khatib. Juga dikenal istilah Moji, yakni perangkat peradilan yang secara khusus menangani kasus pernikahan, talak, rujuk, pembagian harta bersama. Sedang untuk perkara/fasakh adalah kewenangan Lakina Agama dan Imam yang diselesaikan pada Pengadilan Tingkat Pertama. Untuk perkara-perkara yang tidak dapat diselesaikan pada Pengadilan Tingkat Pertama, perkara tersebut dikirim pada Sultan sebagai Pengadilan Tingkat Banding yang sekaligus sebagai Pengadilan Tingkat Akhir/Kasasi.

Dengan dikeluarkannya Peraturan Pemerintah Nomor 45 Tahun 1957 dan Penetapan Menteri Agama Nomor 5 Tahun 1958, maka Pengadilan dinyatakan berdiri yang wilayah hukumnya meliputi Kabupaten Sulawesi Tenggara yang terdiri dari Kecamatan Kendari, Kecamatan Kolaka, Kecamatan Muna dan Kecamatan Buton. Wilayah Hukum Pengadilan Agama Bau-Bau mulai dikurangi sejak dikeluarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 87 Tahun 1966. Pengurangan wilayah hukum terjadi dengan bertambahnya Pengadilan Agama yakni Pengadilan Agama

Kendari, Pengadilan Agama Kolaka, Pengadilan Agama Bau-Bau dan Pengadilan Agama Raha. Sejak terbentuk Pengadilan Agama yang baru, wilayah hukum Pengadilan Agama Bau-Bau hanya meliputi daerah Tingkat II Kabupaten Buton dan Kota Administratif (Kotif) Bau-Bau ( 3 Kecamatan plus 1 Kecamatan persiapan) dan 14 Kecamatan lainnya.

Sejak terbentuknya beberapa Kabupaten yakni Kabupaten Buton, Kabupaten Wakatobi dan Kabupaten Bombana yang kesemuanya merupakan daerah pemekaran dari Kabupaten Buton dengan ibukota Bau-Bau, kini Pengadilan Agama Bau-bau daerah hukumnya masih mewilayahi daerah/kabupaten hasil pemekaran dari Kabupaten Buton tersebut.

Demikian selayang pandang mengenai berdirinya Pengadilan Agama Bau-Bau.