Peradilan Agama Baubau merupakan salah satu pelaku Kekuasaan Kehakiman dibawah Mahkamah Agung, bersama dengan Peradilan Negeri, Peradilan Militer, dan Peradilan Tata Usaha Negara, sesuai dengan amanat UUD 1945 pasal 24 ayat 1.

Kedudukan Pengadilan Agama Baubau ditegaskan kembali dalam Ayat 2, UU No. 3 Tahun 2006 tentang Peradilan Agama: “Peradilan Agama merupakan salah satu pelaksana kekuasaan kehakiman bagi rakyat pencari keadilan yang beragama Islam mengenai perkara perdata tertentu yang diatur dalam Undang-undang ini.” Berdasarkan UU ini, Pengadilan Agama mempunyai Asas Personalitas Keislaman, artinya (1) yang tunduk dan yang dapat ditundukan kepada kekuasaan kehakiman di lingkungan Peradilan Agama hanya bagi pemeluk agama Islam, (2) dalam perkara tertentu, dan/atau (3) hubungan hukum yang melandasai keperdataan tertentu tersebut berdasarkan hukum Islam.

Tugas dan kewenangan Pengadilan Agama Baubau diatur dalam UU No. 3 Tahun 2006 tentang Peradilan Agama. Pasal 49 menyatakan bahwa Pengadilan agama bertugas dan berwenang memeriksa, memutus, dan menyelesaikan perkara ditingkat pertama antara orang-orang yang beragama Islam di bidang tertentu, yaitu perkawinan, waris, wasiat, hibah, wakaf, zakat, infaq, shadaqah, dan ekonomi syari’ah.

Berdasarkan tugas pokok di atas, maka Pengadilan Agama mempunyai fungsi:

1. Fungsi Peradilan, yaitu memeriksa dan mengadili perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama Baubau di wilayah yuridiksinya.
2. Fungsi Administrasi, yaitu memberikan pelayanan administrasi kepaniteraan bagi perkara tingkat pertama, dan pelayanan administrasi kesekretariatan kepada semua unsur di lingkungan Pengadilan Agama Baubau.
3. Fungsi Nasehat, yaitu memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang hukum perdata Islam pada instansi pemerintah di Kota Baubau.
4. Fungsi lain-Lain, yaitu pelayanan terhadap penyuluhan hukum, riset, penelitian, dan lain sebagainya.